(一) 党委办公室。承担院党委落实全面从严治党主体责任的具体工作；负责落实意识形态责任制工作，组织开展内外宣传工作；负责共青团及统战工作。

(二) 办公室。负责日常运转相关工作；承担公文、会议、印章、外事、信息、法务等工作；负责重要事项的组织和督办工作；负责保密、网络安全工作。

(三) 研究室。开展本市地质战略发展中的重点难点问题的调查研究；承担前沿性、战略性、政策性研究工作；承担重要文稿的起草工作；负责院地质科技发展计划的编制、实施；负责地质科技情报跟踪、收集、整理、分析和应用工作；开展地质新技术、新方法、新工艺的研究、引进和推广工作；参与地方志和年鉴（地质部分）编纂工作；负责《城市地质》期刊的编辑、出版、发行工作；开展京津冀协同发展地质工作研究。

(四) 规划部。开展本市国土空间规划体系建设中地质调查规划编制、实施、评估和维护的技术性、事务性工作；开展城市体检、评估相关的地质工作；开展城市规划建设、老城保护、城市更新的相关地质工作研究；负责地质经济发展规划研究和院属单位经营监管工作。

(五) 基础地质部。开展区域地质、工程地质、地质遗迹等调查和研究工作；开展重要规划建设区地质条件适宜性评价、重大工程建设项目工程地质勘查工作；开展地下空间资源地质调查、监测和研究工作；开展工程勘察信息化平台建设、运行工作。

(六) 地灾防治部。开展本市地质灾害防治和相关规划编制、研究、评估、维护的技术性、事务性工作；开展地质灾害调查、监测和研究工作；开展应急地质调查工作；开展汛期突发地质灾害应急值守工作。

(七) 矿产资源部（北京市矿产资源储量评审中心）。负责浅层地热能重点实验室建设管理工作；承担矿产资源储量评审的事务性工作；开展本市矿产资源规划的编制、研究、评估和维护的技术性、事务性工作；开展地热资源勘查、评价、监测、研究和开发利用推广等工作；开展矿产地质调查、勘查、评价、研究和保护的技术性、服务性工作。

(八) 生态地质部。开展本市国土空间生态修复规划中地质部分的编制、研究、评估和维护的技术性、事务性工作；开展生态地质、水文地质、环境地质、矿山地质环境等调查和研究工作；开展地下水、土地质量生态地球化学、矿山地质环境监测工作；开展地质环境生态修复保护、矿山地质环境恢复治理、耕地保护、土地质量调查的技术服务工作；开展地下水资源勘查、评价及超采治理、污染防治、保护修复的技术服务工作。

(九) 地质大数据中心。承担本市数字地质体系建设与应用工作；承担国土空间规划“一张图”（地质部分）、地质安全监测信息系统和地质社会化服务系统的建设、运行和维护；承担地质数据的收集、整理、分析以及集成整合、共享规则研究等工作；接收和保管地质资料、文书档案；承担网络安全技术性工作。

(十) 技术质量部。负责院地质项目管理办法的编制；开展地质项目立项工作，对项目工作进展、运行和质量等情况进行监督检查；开展地质工作技术规程、规范、标准的研究工作；开展科学研究、学术交流和科学普及等工作；负责科技成果转化、报奖相关工作；负责本市地勘行业监督管理的技术服务工作；负责联系行业学会、协会相关工作。

(十一) 安全保障部。负责具体落实有关安全生产的法律、法规，负责院机关安全生产相关工作，指导和督促院属单位安全生产工作；负责地质技术装备、消防、交通、基建和后勤的保障工作；统筹协调基地管理工作。

(十二) 计划财务处。负责组织协调项目立项申报和资金使用的计划拟定、绩效考评工作；负责财务预决算、财会核算和专项经费管理；负责国有资产管理工作；负责合同管理工作。

(十三) 人事处。负责人事管理、机构编制等工作；负责人才队伍建设和管理工作，根据干部管理权限负责处级干部的选拔任用和管理监督工作；受委托承担本市工程技术系列（地质勘探与矿山）高级、中级和初级职称评审的组织工作。

(十四) 纪检办公室。负责机关及所属单位的纪检工作，负责内部审计工作。

(十五) 工会。负责机关及所属单位的工会工作。

(十六) 离退休工作处。负责机关及所属单位的离退职工的服务管理工作。